Raulp, te contesto .
1.- Es que me parece que de fábrica viene que la entrada digital óptica uno se asigna al Cd-R . Bien, entras en el menú set up y el apartado 1 es Input set up . Allí puedes decir cada entrada digital a qué quieres que corresponda . Le dices que la 1 es al DVD y a correr. Coge el manual y mira las páginas 17 y 18 .

2.- No me siento muy capaz de hacerlo mejor que el manual, de verdad, a menos que vayamos aparato por aparato y despacito . Lo primero que yo haría, es ver si tus aparatos ya vienen en el manual . En ese caso, con poner su código ya lo tendrías, independientemente de que puedes añadir funciones programadas por ti mismo .
La otra opción (más rollo pero también factible como pudiera ser aparato de aire acondicionado o un lector posterior al Marantz) es memorizar en tu mando tecla por tecla las funciones que quieres copiar .

3.- Depende . Evidentemente, lo que le digas al lector ya condiciona la salida . Es decir, si tú le dices al lector que no saque salida digital en dts, nada podrá hacer el ampli para descodificar dts En tu caso, le dejaba la labor que puedas al ampli . Activa todo menos la salida Mpeg2 que deberás poner pcm y usa siempre que puedas la señal digital, pues tu ampli es mejor en eso que el lector .
Respecto a la salida analógica 5.1 del lector (para DVD audio o Sa-Cd) ahí lo que debes de hacer es configurar todo en el lector excepto el nivel de señal, que puedes hacerlo en el ampli .

4. Respecto a la conexión TV si sólo tienes como fuente de vídeo el dvd puedes dejarlo así . Pero si tienes alguna más no y si quieres ver el menú del marantz en pantalla, tampoco . Es decir, puedes enchufar las salidas YUV del lector al ampli y de éste a la TV .NO PERDERAS CALIDAD y podrás ver el menú del ampli o lo que hagas en la TV, pues es de los pocos que "emiten" el OSD también por componentes .

Te recomiendo, de todas formas, que te leas con calma el libro de instrucciones y con él en mano vayas probando, que todo lo que te he dicho viene en él.

Espero no haberte liado más .... Un saludo .