Si no me equivoco el modo CSII lo que hace es construir una salida 5.1 a partir de una señal de entrada estéreo (lo mismo que el Dolby Prologic), de manera que si la entrada es 5.1 no tiene sentido aplicarle el CSII.

Lo que si sé seguro es que para escuchar CD estéreo es normal que suene mejor el modo estéreo o direct, ya que estás sacando la señal sin ninguna modificación añadida.