Hola, el único modo en que he conseguido hacerlo es usando un programa que se llama Audio DVD Creator.
Lee los archivo wav (no he probado con los Flac, pero puedes convertirlos a wav con el programa FLAC Frontend) y te crea la estructura de un DVD con audio (no DVD-Audio) con lo cual puedes pasar por directorios y archivos con la estructura que quieras. Se reproduce en cualquier DVD.

Espero que te sirva.

Saludos