Si llevas la señal por el cable de sub (señal LFE), el filtro lo hace el ampli y da igual lo que ponga en la rueda del sub.
Si llevas la señal por cable de altavoz (conectores rojo/negro) entonces el crossover filtra para el sub y pasa el resto de señal a los altavoces conectados al sub.

Conclusión: si tienes LFE, mucho más sencillo.