Te lo preguntaba por saber si era problema del fichero en sí o del reproductor. Por lo que dices, parece que es de este último. Así que puede ser que ese tipo de archivos se le atragantan (o alguna opción de codificación).

Te pasa con todos los mkv+ac3?

Si el HD tiene la opción, configura la salida de audio como PCM porque en la tv no vas a tener un 5.1