El cd-audio no es multicanal,no, para poder conservarlo como flac tienes que grabarlo como disco de datos, manteniendo el formato flac.
Logicamente, luego, solo podrás reproducirlo desde un pc o desde un aparato que lea flac desde el disco.
¿ese dvd home theater reconoce flac? lo mas seguro es que no.

Segundo, ¿tienes una tv que tiene entrada tosklink y otra salida tosklink? lo normal es que solo tengan salida, nunca entrada.
Lo suyo es que conectes por hdmi el asus con la tv, y la salida tosklin del asus al home cinema (suponiendo que este no tenga entrada hdmi que seria lo ideal) pero si no lo tiene, pues por optico.

De esa manera mantendrás al sonido dts para oirlo por el home cinema, ademas si la musica flac de antes, la copias en un pendrive o disco duro externo podrás reproducirla desde el asus directamente por usb, manteniendo el dts 5.1.

Suerte.