En principio los "tubitos" hay que quitarlos, pero en el manual de esos altavoces lo explicara cuando ponerlos o no. Lo que veo complicado es sacar el segundo "tubito". En principio sirven para cuando un altavoz esta muy pegado a la pared y el puerto bass reflex no funciona correctamente y hace ruidos raros de silbidos o te reverbera o te sube muchisimo los bajos. Con esos altavoces no creo que vayas a tener ese tipo de problema.

Respecto al sub. El volumen se suele poner en la mitad y segun que valores te de la calibracion del avr subes o bajas y vuelves a pasarla. El crossover al maximo y la fase en teoria se pone en 0 si el sub esta en la pared frontal y en 180 si lo pones en la pared trasera. Pero en la practica como el avr corrije eso es mejor dejarlo en 0 y andando. Aunque puedes probar con ambas combinaciones y ver como te gusta mas (pero deberia dar igual).

Que avr tienes? Para ayudarte un poco mejor?