Si lo has extraido a formato FLAC comprimido sin perdida, la calidad sera exactamente la misma que en el CD.

La musica en el CD es digital y el archivo que extraes tambien, solo copia numeros de un lado a otro. La tarjeta de audio no pinta nada.
El lector de CD tampoco afecta siempre que funcione. A no ser que el CD estuviera fisicamente estropeado o rayado no hay problema.

Si lo has extraido a mp3 entonces si que hay algo de perdida. Igual para el coche necesitas mp3, pero de todas maneras es mejor guardar los flac como copia completa del disco.