Hola y bienvenido
Seguro que es por la proximidad de la caja a la pared. La única forma de evitarlo es o reubicar la cjas (que ya dices que no puedes) o utilizar algún tipo de parametrización paramétrica, bien a traves del ampli, o a través de algún tipo de software/hardware. Si no, solo se me ocurre que juegues a tapar la salida bass reflex con la espuma que te vendrá y observar los resultados. No jorobarás nada, no te preocupes.
En cuanto a las longitudes de cables, eléctricamente seguro que habrá variaciones pero lo que ocurre es que acústicamente es imposible detectarlas. No te compliques la vida con eso. Peor sería tenerlo enrollado y haciendo algún efecto bobina que si podría ser detectable.
Lo importante de unas cajas es que su sonido guste a su dueño como te ocurre a tí *
Un saludo
P.D. Joder,en lo que he escrito el mensaje, te han contestado ciento y la madre y te han contado casi todo lo mío.