Yo tengo el onkyo y también Yamaha y el mismo modelo que tú... A mí me ha dado siempre problemas de configuración del sub. Me lo dejaba siempre muy bajo. Supongo que por problemas de reverberaciones de sala... Súbele el sub un poco y luego, al final, el sub, siempre tendrás que configurarlo "a mano"cosa que por otro lado es casi comprensible lo regulas a tu gusto...

Lo de que no te reconozca los frontales yo apostaría tema cableado... + y -... Revisa todo bien.
A mí me ha pasado, pensando que estaba todo correcto... Luego también prueba a poner el micro en una posición distinta. No lo dejes tan pegado a la pared .

Suerte