Hola

primero me alegra ver que ya lo tienes todo en casa.
Segundo. No importa que hayas cortado unos hulillos del cable al pelarlo, lo que si es importante que a la hora de conectarlo al amlificador y a los altavoces no quede fuera nada de cable pelado de la conexion al amplificador y a los altavoces. me da que esos chasquidos estan provocados por eso.
tercero. Lo del zumbido del subwofer parece mas bien una mala conexion electrica o que no has regulado bien la salida del subwofer pero apostaria mas por lo de la conexion electrica. Lo de la direccion del cable no es importante pero ya que esta señalizado hagasmole caso .
Intenta esto y si sigue igual ya me cuentas.

Un saludo