Para meter el audio en el mkv, tendrías que usar algún programa de edición como el mkvmerge, por ejemplo. Eso sí, no sé si dicho formato de audio (.m4a) será compartible con el software del televisor.
En cuanto a los subtítulos, supongo que será debido a una incompatibilidad. El televisor lee los formatos más usados o comunes (*.srt y *.sub principalmente). Si no es ninguno de dichos formatos, no te quedará otra que transformar dichos archivos de subtítulos a un formato compatible o buscar algunos ya transformados y sincronizados en la red y añadirlos al mkv.

Saludos.