Hola.
La principal diferencia es que te permite actualizar el equipo. Si tienes un conjunto todo en uno, es lo que hay y a menudo solo les puedes poner los altavoces ( parlantes ) que vienen. Además llevan el lector incluido, con lo que estamos en las mismas.
Si puedes, yo pienso que es mejor comprarlo por separados (aunque sea un pack de ampli + altavoces).
En principio la calidad será superior de esta manera. De todas formas depende también para el uso que le quieras dar y el presupuesto que tengas. Por ejemplo hay conjuntos "todo en uno" de Bose que para cine son bastante competentes, aunque si te gastas el mismo dinero en comprar otras marcas por separado obtendrás mejor resultado.
La marca Yamaha es igual de buena que las demas.
Basicamente dentro de un rango de precios, todos los amplis tienen una calidad muy similar. Sólo cambian el número de "gadgets" que presentan, nº conexiones, radio por internet, apps para el smartphone, etc ....
Pero lo que es la calidad de sonido no cambia de unos a otros. Y en cuanto a la potencia .... pues con 100w tienes de sobra.
Si es un salón pequeño tampoco podrás poner cajas muy grandes, así que no te hace falta tanta potencia.
Espero que te sea de alguna ayuda.
Saludos