Buenas, tienes que conectar los altavoces al subwoofer, y mandarle la señal de los altavoces del amplificador al subwoofer, te quedaría algo así:
Ampli -> Subwoofer -> Altavoces
Básicamente esto es por que como los pequeños satélites del conjunto de bose no pueden reproducir un rango de frecuencias demasiado amplio, se le manda al sub, que tampoco es que tenga ninguna maravilla de rango, de hecho hay un valle importante entre bajos y agudos, pero cubre mucho más de esta forma.
Si conectas el ampli directamente a los altavoces, va a sonar verdaderamente extraño, sin cuerpo y con falta de detalle.
En el ampli si no recuerdo mal tienes que configurar los altavoces como small.