reproducción de archivos mkv

Compara la calidad de uno de los archivos de antes con el que te da problemas, hay programas para ello.
aparte de la resolución, te preocupa el "codec" o formato de compresión utilizado y el "bitrate", este último dato muy importante, hace que sea necesario transferir más datos por segundo, si la fuente que usas, (disco duro, USB, etc) no da velocidad de lectura suficiente, tienes los síntomas que describes.
Para mejorar:
Disco duro conectado a la tele, SSD mejor que IDE
Memorias USB con mayor tasa de lectura.
Red por cable antes que por wifi.

La fuente que uso es un disco duro de 1Tb usb 3.0 conectado directamente a la tele, por si me puedes ayudar,a continuación te pongo muestreo de uno de los videos que me dan problemas.

General
UniqueID/String : 227753294085412290535540387023270733445 (0xAB57B05BD41D31849EB4F4031A846685)
Nombre completo : D:\Peliculas\Apocalypto (2006) BluRay 1080p 5.1CH x264 Ganool\Apocalypto.2006.BluRay.1080p.5.1CH.x264.Gan ool.mkv
Formato : Matroska
Formato de la versión : Version 4 / Version 2
Tamaño del archivo : 1,70GIB
Duración : 2h 18min.
Tasa de bits total : 1 757Kbps
Película : Apocalypto 2006 Blu-Ray 1080p x264 Ganool com
Fecha de codificación : UTC 2014-03-10 17:52:23
Aplicación de codifición : mkvmerge v6.6.0 ('The Edge Of The In Between') built on Dec 1 2013 17:55:00
Librería de codificación : libebml v1.3.0 + libmatroska v1.4.1

Video
ID : 1
Formato : AVC
Formato/Info : Advanced Video Codec
Formato del perfil : High@L4
Ajustes del formato, CABAC : Si
Ajustes del formato, RefFrames : 4marcos
ID Códec : V_MPEG4/ISO/AVC
Duración : 2h 18min.
Tasa de bits nominal : 1 564Kbps
Ancho : 1 920pixeles
Alto : 1 038pixeles
Relación de aspecto : 1,85:1
Modo de velocidad de cuadro : Constante
Velocidad de cuadro : 23,976fps
ColorSpace : YUV
ChromaSubsampling : 4:2:0
BitDepth/String : 8bits
Tipo de exploración : Progresivo
Bits/(Pixel*cuadro) : 0.033
Librería de codificación : x264 core 135 r2345 f0c1c53
Opciones de codificación : cabac=1 / ref=3 / deblock=1:-1:-1 / analyse=0x3:0x113 / me=umh / subme=9 / psy=1 / psy_rd=0.00:0.00 / mixed_ref=1 / me_range=32 / chroma_me=1 / trellis=2 / 8x8dct=1 / cqm=0 / deadzone=21,11 / fast_pskip=0 / chroma_qp_offset=0 / threads=12 / lookahead_threads=1 / sliced_threads=0 / nr=0 / decimate=1 / interlaced=0 / bluray_compat=0 / constrained_intra=0 / bframes=3 / b_pyramid=2 / b_adapt=2 / b_bias=0 / direct=3 / weightb=1 / open_gop=0 / weightp=2 / keyint=250 / keyint_min=25 / scenecut=40 / intra_refresh=0 / rc_lookahead=60 / rc=2pass / mbtree=1 / bitrate=1564 / ratetol=1.0 / qcomp=0.60 / qpmin=10 / qpmax=51 / qpstep=4 / cplxblur=20.0 / qblur=0.5 / ip_ratio=1.40 / aq=1:1.00
Default : Si
Forced : No

Audio
ID : 2
Formato : AAC
Formato/Info : Advanced Audio Codec
Formato del perfil : HE-AAC / LC
ID Códec : A_AAC
Duración : 2h 18min.
Canal(es) : 6canales
Posiciones del canal : Front: L C R, Side: L R, LFE
Velocidad de muestreo : 48,0KHz / 24,0KHz
Idioma : myn
Default : Si
Forced : No

Menú
00:00:00.000 : en:00:00:00.000
00:08:19.332 : en:00:08:19.332
00:13:03.741 : en:00:13:03.741
00:19:17.281 : en:00:19:17.281
00:23:09.721 : en:00:23:09.721
00:32:34.243 : en:00:32:34.243
00:37:45.179 : en:00:37:45.179
00:48:28.655 : en:00:48:28.655
00:56:39.145 : en:00:56:39.145
01:00:53.775 : en:01:00:53.775
01:09:15.109 : en:01:09:15.109
01:18:12.938 : en:01:18:12.938
01:23:15.782 : en:01:23:15.782
01:32:12.276 : en:01:32:12.276
01:43:07.723 : en:01:43:07.723
01:50:14.983 : en:01:50:14.983
01:57:45.683 : en:01:57:45.683
02:08:06.470 : en:02:08:06.470
02:09:49.239 : en:02:09:49.239