Si te he entendido bien, tienes ahora el sub, el cajón de los Bose y sus satelites sonando a la vez.
Chungo......Demasiadas cajas.
Yo que tu probaria lo siguiente:

Parece que el cajón de los Bose es pasivo, pues se alimenta por cable de altavoz desde el ampli. Y debe llevar algún filtro (¡gracias Bose por ese manual en internet donde no explicas una M!) de graves antes de enviar la señal a los satélites. Debería llevarlo, aunque siendo Bose, puede que incluso ni eso.
Si no lo lleva, pues mejor para ti. Te explico.
Conecta la salida de altavoces del ampli "DIRECTAMENTE" a los satelites y a ver que pasa. Romperlos no los vas a romper. Y además tú ya tienes filtro de graves, el de tu ampli AV a 100 Hz.

Solo que puede que los satelites no sean capaces de manejar la señal a 100 Hz. Yo probaría con el tono a 100 Hz a ver si sale por los satelites con el sub apagado. Y probaria con tonos de 110, 120 y 150 Hz a ver "por donde salen" y como suenan, con el sub encendido.

El objetivo de las pruebas es comprobar que quitando la caja de Bose sigues teniendo una respuesta en frecuencias más o menos "plana" y cubres todo el rango de graves correctamente.

Y un consejo personal...Lleva a tu mujer a donde haga falta (cenas, pelis románticas, de tiendas!!!!!...) con tal de cambiar los Bose por algo, que aunque siga siendo pequeño (pero no tanto), sea más "ortodoxo".