No siempre más plano es mejor resultado entendiendo como funciona el tema. A 1/6 octava un +/-6dB tiene que sonar mejor que un +/-10dB con toda seguridad, ya que no puedes sobrecualizar trabajando a esa resolución. Lo que se me ocurre es que estés confundiendo respuesta con diferente nivel de SPL; pues para comparar respuestas es OBLIGADO igualar nivel de SPL promedio (si no no es sólo balance tonal lo que comparas y subjetivamente da lugara engaño).
En los hilos que colgué y otros que hay en el mismo foro también tienes información de cómo configurar un sistema para que con sólo un UC ecualices cajas frontales + sub. Si utilizas etapas externas independientes para cada canal evidentemente necesitas un EQ estéreo para cada par de canales... peor hay que medir y ecualizar siempre tal y como te sugerí (caja izq. + sub) por un lado; y caja der. + sub) por el otro (nunca por separado, pues en la zona de cruce ambos interaccionan.
Siempre es mejor ecualizar a la baja que al alza, pero el resultado sonoro si el ajuste es en ambos igual de correcto va a ser "el mismo" si igualas SPL promedio. Lo más sencillo para no llega a anomalías es partir de una línea imaginaria "lógica"; en tu caso particular yo hubiera tomado como partida una curva a la cual tender unos 3dB por encima siguiendo la metodología (en a cual si la has leído deja claro que la única zona problemática a aplanar totalmente (si trabajan con resolución de 1/6 octava) son los valles en graves (que se afinan a oido UNO A UNO). El resto suena claramente más equilibrado con menor altibajo en frecuencias colindantes (bien sea con respuesta lineal o con caída suave progresiva... que dista bastante de lo que muestran tus cajas en tu sala previo a la EQ y necesitan bastante trabajo).
Un saludete