JP, por lo que entiendo preguntas si al generar un FLAC con el EAC la información HDCD sigue ahí.
La respuesta es sí.
Si a partir de ese FLAC volvieras a hacer un CD sería identico al original y por tanto codificado HDCD. Y así lo detectaría un lector compatible con HDCD. Lo he comprobado.
La información HDCD se encuentra en el bit de menos peso de los 16 que tiene el estándar CDaudio. Contiene información de cómo se debe recuperar la resolución (dinámica) del audio original.

Saludos