Tonako, yo suelo emplear distintas aplicaciones para descomprimir esos .APEs (Monkey's Audio), .FLACs (FLAC frontend) ó .SHNs (mkw Audio Compression Tool mkwACT), obteniendo .WAVs.

Soy bastante maniático con eso y nunca uso los plugins del Nero, pero creo que por pura manía. En teoría no deberías perder calidad en ningún caso, pues como te han comentado esos formatos de compresión son sin pérdidas y podrás recuperar el .WAV tal cual fue rippeado originalmente.

Luego con los .WAVs ya haces lo que desees, tostarlos en CD o lo que sea.