Todo depende de como midas y ecualices en REW. Si mides cada canal por separado (altavoces en LARGE, sub en modo LFE) y así ecualizas, tendrás cada canal ecualizado pero al subwoofer no le enviarás nada (sólo el canal LFE). Si después de ecualizar de esta forma cambias en el AVR los altavoces a Small con el crossover correspondiente la parte desviada al sub estará sin ecualizar.
Si en REW mides con los altavoces en Small y los crossovers correspondientes la eq que apliques tendrá en cuenta el sub (o sea, ecualizarás respuesta conjunta caja + sub) porque el AVR desvió las frecuencias por debajo del corte al sub previo a ecualizar.