Así es, cuanto más abajo en frecuencia más difícil es poder alinear en tiempo porque la imprecisión es mayor (tan impreciso como "menos importante es" dentro de unos márgenes en esa zona tan grave.
Para alinearlos, tal y como comentas Deboi, se necesita reproducir una frecuencia más alta que sí es fácil de detectar su distancia bajo sweep. Aún así, seguro que hay tablas que te dicen la distancia a la que tiene que estar según la frecuencia de corte el centro del mid/woofer de una caja vs el centro del sub.
Un saludete
P.D.: por si alguno no lo sabía, la mayoría de cajas del mercado (aún de precio astronómico) ni siquiera suele tener perfectamente alineados sus tweeters de sus medios, ni sus medios de sus graves (se hace retrasando los centros acústicos: más atrás cuanto más alto en frecuencia es el corte) y "tampoco se acaba el mundo".
Si echáis un vistazo a Stereophile veréis que casi todas muestran varios picos y no uno de sólo... y como ya sabéis somos muchísimo más sensibles a cualquier delay y anomalía secundaria en la zona media y alta que por abajo.