Desde luego no es la opción idónea. El ampli claro que te puede corregir retardos, y el sistema de ecualización problemas de fases y tal, pero lo mejor es darle todas las soluciones físicas posible.
Yo probaría a poner monitores, sobre pedestal ( de la misma altura que las baldas del mueble) en la parte corta y en el mueble en la larga ( siempre que el mueble sea bastante firme). El subwofer completará perfectamente a los monitores en la parte baja (las torres y los monitores sólo se suelen diferenciar en los graves, la especialidad del subwofer).
Para mi esto te podría dar mejor resultado, e inluso más económico, ya que el subwofer para cine es completamente necesario y no puedes prescindir de él.
La otra opción es poner las torres delante del mueble. Yo lo tengo así y puede que creas que estéticamente no vaya a quedar bien ( yo también lo pensaba), pero ahora hasta le gusta a mi mujer. Todo es cuestión de elegir unas cajas que no desentonen en estética.