Es algo de lo que no me he percatado jamás, pero el mismo ruido debería hacer -por ejemplo- el Foobar para música que el MPC viendo (escuchando) una película.

A priori se me ocurre pensar en que la ganancia (potenciómetro del MPC) o el nivel de salida del mezclador de Windows correspondiente lo tengas muy bajo y se produzca el ruido por amplificar una señal de un nivel muy baja, pero claro en SPDIF no debería pasar.

Opciones:

Reinstala MPC, revisa configuraciones de audio (Windows y tarjeta) y finalmente prueba a pasar la señal al receptor por HDMI a ver que pasa...