¿Y como has conectado el sub al ampli? ¿En paralelo con las salidas de altavoces?. Si es así, lo único que conseguiras es lo que dices. Mejor reproducción de las bajas frecuencias, pero a los altavoces principales les llegará todo el rango de frecuencias con lo cual esas distorsiones se seguirán reproduciendo.
Para hacer lo que quieres, deberías poder seleccionar en el ampli el croosover a partir del cual quieres que te envíe las bajas frecuencias (p.e. 150 Hz) y configurar los altavoces que quieres "liberar" como small. Si no tienes esa posibilidad, no creo que puedas hacer más de lo que has hecho.
Un saludo