Sin ahondar mucho en el tema, la respuesta podría venir del lado de la resolución. Un contenido SBS no es 3D Full HD, por lo que el ancho de banda en el que trabaja el repro BD 2D será suficiente, pero no para un BD original.
No, el problema viene porque el reproductor no entienda la codificación del archivo de video.
Lo de que el SBS sea o no Full 3D no es por culpa del SBS. Con generar un archivo de video que sea el doble de ancho ya tienes el Full HD (y algunos se encuentran, pero pocos)