Se supone que FLAC y FLA es lo mismo, así que seguramente el NAS sólo te renombra la extensión. En todo caso puedes hacer un prueba: Copia un FLAC al NAS, y después copia el FLA resultante otra vez a tu portátil, y comprueba que:
1. Sea un archivo idéntico, o sea, el mismo.
2. Intenta reproducirlo, aunque tengas que volver a ponerle la extensión FLAC.