Hola perromedio,

No me gusta usar software de terceros para hacer pendrives bootables, puesto que no en todos los casos funcionan bien (esta es la forma nativa de crear un disco/pendrive bootable para entornos Windows).
Si es un Windows 10 primero deberás habilitar el SecureBoot en la BIOS y el modo de disco pasarlo de LEGACY a UEFI.

Después desde un Windows 7/10, ejecutar el cmd con permisos de Administrador y escribes:

DISKPART: esto arrancará la utilidad
LIST DISK: esto mostrará el número de disco de su unidad flash USB.
ELECT DISK X (reemplace X con el número de la unidad flash USB)
CLEAN: esto borra el disco
CREATE PARTITION PRIMARY: crea la partición
SELECT PARTITION 1: selecciona la partición 1
ACTIVE: marca la partición actual como activa
FORMAT FS=NTFS QUICK: esto formatea la partición
ASSIGN: asigna una letra de unidad.
EXIT

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Saludos.