El arranque por USB, NO suele estar habilitado en cualquier puerto USB, revisa el manual de tu placa, para saber cual de ellos son candidatos para hacer el arranque, normalmente solo son uno o dos puertos.

El disco duro de 4 teras, lo reconocera sin problemas el Linux, pero tendras que darle un formato particular (se suele poner ext3 o ext 4, (yo pondria ext3)), que posiblemente no pueda leer el windows, los datos solo estaran accesibles desde linux.
quizas instalando un programa adicional para soporte de sistemas de ficheros linux ext3, te lo reconozca (no se si existe, no te se recomendar alguno).

La opcion de DOS particiones que comenta nuestro compañero Pierrotlefou, parece la mas usable, en ese modo, lo veran el windows y el linux. (recomendado)