Creo que llegados a estas alturas no voy a escatimar en algo tan importante como la fuente y pondré la be Quiet! E10 de 500W que aconsejas. Aparte, voy a hacer overclock y no quiero hacer corto mientras afino temperaturas, ruidos y clock. Tengo montada una Be Quiet! (la Pure Power L8 de 300W) en el HTPC y estoy muy contento con ella.

Me estuve mirando las unidades SSD M.2 y al igual que tu, vi una diferencia -tanto en precio como en prestaciones- mucho más elevada que en las SSD SATA III de 2.5" "clásicas". Algunas M.2 como la que comentó b69082001 tienen un rendimiento muy parecido a un SSD SATA III, pero otras sí que parece (por lo menos sobre el papel) que son mucho más rápidas.

Por ejemplo:

Kingston SSDNow 120GB M.2 SATA (75 euros)
Velocidad de lectura 550 MB/s
Velocidad de escritura 520 MB/s
Velocidad de transferencia de datos 6 Gbit/s
Lectura aleatoria (4KB) 46000 IOPS
Escritura aleatoria (4KB) 4500 IOPS

Muy parecido al Crucial MX 100 de 128GB (72 euros)
Lectura secuencial 550 MB/s
Escritura secuencial 50/50 MB/s
Lectura aleatoria IOPS 90K / 95K
Escritura aleatoria IOPS 75K / 80K 85K


Sin embargo este Samsung SM951 M.2 SSD 512GB (402 euros)
Velocidad de lectura: 2150 MB/s
Velocidad de escritura: 1200 MB/s
Lectura aleatoria: 140000 IOPS
Escritura aleatoria: 80000 IOPS

Resumiendo:
La kingston M.2 tiene un precio precio/GB y rendimiento parecido a una MX100 de 128 GB. No mejora nada.

Por menos de lo que cuesta la M.2 de Samsung con 512GB tienes una SSD SATA III de 1 TB (doble capacidad por 368 euros) y por menos de la mitad (180 euros) una Crucial MX100 de 512GB.

Me gustaría mucho ponerle un M.2 porqué hasta que lo comentó b69082001 desconocía que la placa base tenía esa interfaz y es algo nuevo para mí que la unidad sólida "se camufle" en la placa base, aprovechando su zócalo M.2.

La samsung rinde más, pero por lo que cuesta, sólo la pondría si realmente incrementara de manera muy significativa el rendimiento general del equipo respecto una SSD SATAIII. De estos últimos ya he montado unos pocos y estoy encantado, el primero de todos en mi HTPC (un samsung 840 Evo de 120GB) y luego 3 Crucial MX100 de 512GB: Dos en 2 PCs de mi suegro y uno en mi ASRock Q1900DC-ITX (la CPU hace lo que puede, pero es un mecherito, oigan).

Sobre el tema de las memorias ando un poco perdido:

El fabricante de la CPU dice que las memorias soportadas son DDR3 ó DDR3L a 1600.

El fabricante de la placa publica en su lista memorias compatibles de hasta 3200 MHz.

¿Sería posible conseguir esa velocidades de más de 3000 MHz de intercambio CPU - RAM mediante overclocking o es tirar el dinero poner unas memorias más rápidas de 1600 Mhz?

Llamarme paranoico, pero suelo buscar la RAM que ha sido probada por el fabricante de la placa base. Estuve mirando algunos módulos que fueran 2 x 8GB "gemelos" (RAM total 16GB) para aprovechar el doble canal y sólo encuentro tipo Gaming con disipador que suman bastante altura "extra" y como has comentado, no quiero tener "sorpresas" durante el ensamblaje por el disipador, que es un buen tocho.

¿Alguna recomendación teniendo en cuenta el tema de las alturas y velocidades?

Respecto al resto de componentes, si tu que los has montado los recomiendas, para mí es garantía garantizada de que son fetén
Por cierto, esa MSI está en 2 y en 4GB. ¿Merece la pena elegir la de 4?

Mirando algunas reviews de disipadores dejan mejor el Ninja 3 que el Mugen 4 (aparte es un poco más barato) así que si lo encuentro pongo el primero en vez del Mugen.

Gracias por vuestra ayuda!
Un saludo!