Los otros servidores que comentas no son servidores DLNA. PLEX tiene esta capacidad de ahí que veas las carpetas. Aunque hay otros más específicos que PLEX, que te vendrían mejor. Prueba con Universal Media Server. Universal Media Server

Tal vez este cumpla mejor el cometido que quieres, y puedas poner las carpetas como a ti te gusta. Este como DLNA va genial, y tiene incluso más compatibilidades que PLEX.