Me parece cuanto menos extraño, yo también tengo esas dos series completas y CERO problemas.

Desde el PC hay una opción de papelera de reciclaje que es bueno usar de vez en cuando.

Y en el principio del todo, nada más entrar en PLEX Server, hay 3 opciones, una de ellas sirve para optimizar y la otra para limpiar la papelera de reciclaje, usa ambas cuando cambies o re-ordenes las carpetas de tu disco duro.

Prueba y luego me cuentas.