Estoy con Tassadar, no es problema de programa sino de procesador.
Tampoco comentas desde qué formato pretendes convertir. A más pesado (1080p) el original, más tiempo tarda la conversión.

En general, para cambiar de formato un archivo de película larga, es la tipica tarea que se deja toda la noche, y un bluray se pega hasta 4 horas en mi Core Duo...