hola Yulius, puedes multiplexar con tmpgenc plus, pero corres el riesgo de que se desincronice, yo creo que la mejor solucion es que te mires este breve pero interesante manual,
http://www.mundodivx.com/aviavcd/canopus.php
y que conviertas de nuevo esa peli, te va a dar menos quebraderos de cabeza.

un saludo