Te digo la misma respuesta que a Kalymocho. Envíame un archivo que dices "que suena mejor" y te genero un MKV con las dos pistas (original y convertida), a ver si lo entiendes.
Es una cuestión de mezcla. Nada más. No de que un formato tenga "más calidad" que otro. Diferentes mezclas = diferentes percepciones.
El problema está en asociar una mezcla diferente a una "mejor calidad" porque sea TrueHD.
He escuchado cosas en DD espectaculares, y cosas muy malas en TrueHD/Atmos. Como todo.