Es que la Shield no tiene autoframerate en todas las aplicaciones. Kodi sí lo soporta, y ahí no tendrás problemas, automáticamente cambiará a la frecuencia de refresco correcta.

Por otro lado, la serie 2017 tiene el soporte 24FPS sobre 60Hz, es decir, que la imagen la verás fluida a 60hz (sin el famoso pulldown 3:2). No se porqué configuras a 59.940hz, deberías dejarla a 60hz clavados.