Es complicado en esos equipos cambiar el sistema de refrigeración que traen de serie.

Lo mas silencioso, pero no lo mas barato seria tener el HDD fuera de la caja, sacando los cables de datos y corrientes y montando una carcasa externa (como esta)con el disco. A su vez usar refrigeración líquida (sacando los tubos por donde están ahora los ventiladores) para la cpu y la placa con un radiador pasivo (algo asi).

De esa forma cero ventiladores, nada de ruido, pero no será barato ni sencillo de hacer.

Si mantienenes los ventiladores de 8cm es imposible hacerlo silencioso, los ventiladores de ese tipo generan al menos 22db y si tenemos 2 mas todavia.

Otra alternativa es crear un "agujero" en la parte superior para que el aire caliente ascienda y salga de la caja (efecto chimenea) y tenerlo en un luegar bien ventilado.