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Poderse, se puede, el programa "scriptit" se usa para "grabar" esas pulsaciones y generar un "Icono" que las reproduce todas.
¿Podrías explicar esto un poquito mejor?, ¿scriptit es un programa comercial que se puede instalar y entre sus opciones está el cambio automático?, he googleado un poco y hay muchas herramientas que se llaman Scriptit, pero ninguna parece destinada a lo que planteo.

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o uno que te detecte los cambios en las claves de registro/ficheros afectados
Lo máximo que he encontrado esta relacionado con lo que propones, se trata de crear dos archivos de registro a modo de acceso directo en el escritorio (estéreo.reg y Multicanal.reg), en esta página explican como hacerlo:

windows 7 - Switch speaker configuration between stereo and 5.1 using shortcut - Super User

¿Problema?, en mi caso las claves que aparecen después de "Render" cambian cada vez que se reinicia Windows, por lo que los .reg dejan de funcionar, además, tampoco me parece un método excesivamente rápido, hay que salir al escritorio, darle al icono, aceptar la advertencia de cambios en el registro (no he conseguido quitarla) y otro click en la ventana que dice que el registro se ha cambiado.

¿Conoces algún programa que te detecte los cambios en las claves de registro/ficheros afectados y se pueda aplicar en este caso?.

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Aún así, yo siempre he tenido la configuración de Windows en 5.1 y según el fichero, saca 2.0, el propio receptor AV lo detecta, conectando por fibra óptica al receptor.
A mi este sistema me funciona igual que a ti siempre que el reproductor (Kodi, MPC-HC...) lo configure en passthrough, pero al usar Reclock no puedo usar passthrough. Si tú configuras Windows en 5.1 y reproduces un video en estéreo con el passthrough desactivado, poniendo el AV en "modo directo" (straight en algunos modelos) ¿te saca estéreo?, si es así algo debo estar configurar mal porque en mi caso no hay manera. Si en el AV utilizo el modo estéreo (un DSP de mi AV) sí me saca estéreo, pero esto es una conversión que hace el AV, en modo directo me saca 5.1 (que es lo que realmente le manda el ordenador) aunque la fuente sea estéreo.

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En el reproductor que uses, tienes que hacer/configurar "passtrough" de la señal de audio.
Tiene pinta de que fuerzas la conversión a 5.1 y por eso te suena todo en ese formato, hasta que le cortas las alas limitando los altavoces a nivel de Windows.
Lo que te comentaba antes, el usar Reclock no me permite hacer passtrough, es la limitación por convertir "al vuelo" de 23.976 a 25 fps.

Un saludo.