a ver, ntfs y fat32 son sistemas de archivos. Si tienes el disco formateado en cualquiera de los dos formatos, solo tienes que tener en cuenta que fat32 no admite ficheros de mas de 4gb entre otras cosas. Con lo cual con ficheros menores de 4gb no tienes que tener ningun problema de pasar de uno al otro y del otro al uno, es decir, esa "conversion" que tu dices se hace al entrar al disco.
Tu disco duro multimedia dice que no es compatible con ntfs porque si lo formateas como tal, perderas el sistema multimedia interno que trae y no sera capaz de leer dicho formato. Así que mi recomendación es que sigas como estas.

saludos y espero que se entienda lo que quiero decir