Compatibilidad NTFS/FAT32

Hola,
Soy un novatilla en el tema, asi q espero q me podais echar un cable.
Tengo un portatil con sistema de archivos FAT32, pero mi disco duro externo es NTFS (con posibilidades de formatear a FAT32, pero contiene mucha informacion). Entre ellos no tengo ningun problema.
Pero me he comprado un disco duro multimedia q dice ser solo compatible con archivos FAT32.
Mi programa de descarga y su carpeta correspondiente estan instalados en el disco externo.
De momento, todo lo q he pasado al disco multimedia (todavia no me ha dado tiempo de ver toda una pelicula o un documental completo) se visualiza y escucha sin problemas.
Me recomendais q formatee el disco externo, o no tendre problemas pq pasa primero a traves del portatil con sistema FAT32? Tal vez os pueda parecer una pregunta absurda, pero es q si me dice q no es compatible con NTFS no comprendo como lo lee todo.
Y otra pregunta q tal vez os parezco estupida, pero tp la se.
En mitad de las descargas traslade la mula y su carpeta del portatil al disco externo. Es decir, q las pelis estan mitad NTFS y FAT32. Esto es posible? Es posible q a mitad de la reproduccion me quede tirada?
Un saludo y gracias por vuestra ayuda. Espero me contesteis. Es q tanta tecnologia ya me supera y me siento bastante perdida.