Aunque es verdad que por lo que dices tiene mala pinta, ya que no es de la controladora que llevan los HD externos, sino que parece un defecto del propio HD, ¿te has asegurado de cambiar los pin entre maestro y esclavo al enchufarlo?

Esto



En la etiqueta del propio HD viene cómo. Si no estás seguro, sólo cámbialo para ver si lo reconoce.

Un saludo.