Es curioso.

Yo por darte ideas,
Tardar mas en arrancar el sistema podria ser que al arrancar, la Bios "tarda" un poco mas porque deriva la señal de video a la grafica Pci-e en lugar de la integrada.
Lo de los ruidos, si son siempre los mismos y el mismo tiempo ya no sabria decirte, te iba a comentar que si el ventilador de la grafica toca en algun cable o incluso es este ventilador el que hace ruido al empezar a funcionar, si puedes arrancarlo abierto y viendolo seria lo suyo.

un saludo

P.D: no creo que los ruidos sean por tener el pci-e 2.0 y la grafica ser 3.0