Yo he tenido mucho tiempo una gráfica PCI expres 3.0 en una placa 2.0 y no pasa nada. Lo único que la gráfica recibe la información como si fuera a través de un cuello de botella . Pero todo funciona bien. Por lo menos en mi caso.

Gráfica gtx 650

gigabyte ga-p35-ds3l_10

La placa base