Hola Jals,
Uno de los grandes problemas como comentas tú mismo son las cajas. Hace poco estuve buscando una configuración para un cliente que quería una caja tipo HTPC y poder poner al menos 3 discos duros, y cajas que lo hagan "oficialmente" hay pocas, la Silverstone ML07 por ejemplo, pero vale bastante cara. Yo he montado algún equipo con la GD05 y aunque trae hueco para solo dos discos de 3 1/2 te aseguro que se pueden poner más, posiblemente otros dos, incluso ya al cliente que te comento le ofrecí el buscarle algún rack de discos para dejarselo instalado internamente y así poder poner 4 en lugar de los 2 oficiales.
Por lo demás que comentas, el Intel i3 3220T cumple a la perfección, he montado muchos y van realmente bien y con consumos que nada tienen que enviar al Zacate de AMD (mucho menos potente) en tareas de NAS y descargas (segun mis mediciones unos 25w el equipo completo haciendo de NAS-Descargas).
La unica pega de éste i3 es que no reproduce Bluray3D porque su integrada es una HD2500 (sí que podrías reproducir MKV 3D SBS). Si quieres poder con el BD3D entonces mejor irse a aun AMD A8 de 65w de TDP, y claro está, Windows, porque en linux no hay soporte de BD3D. No es necesario que montes VGA dedicada, a no ser que quieras jugar a 1080 con el HTPC.
Mi opinión por supuesto es que mejor o te montes o te monten un equipo de calidad, que sea realmente silenciso, pero para eso hay que escoger bien los componentes y hacer un buen montaje, y muchas veces hacer modificaciones físicas en las cajas, yo de hecho lo hago en casi todos los equipos que vendo.
La caja bitfenix que pones tiene muy buena pinta (como siempre digo en tipo torre o minitorre hay mejores opciones que en cajas tipo HTPC), y de hecho seguramente puedas poner un disipaodor mejor, posiblemente te quepa un Scythe Ninja3, es cosa de ponerse a mirar medidas de la caja....
La fuente no me gusta nada, hace años trabajaba con Corsair y eran de lo mejor en calidad/precio, pero hoy en día ya no tienen nada que ver, y las últimas CX que monté eran desastrosas, mírate las Be Quiet Pure Power L8 con 80+ bronze, son realmente silenciosas y están bien de precio, y con 300w vas sobrado para esa máquina. Te recomiendo ver mi comparativa de fuentes: ENLACE
Y ya puestos, compra ventiladores aparte, y según cuantos, un rehobus si no puedes controlarlos todos con la placa, en las últimas cajas Silverstone que he montado (no hablamos de marca barata) los ventiladores resultaron ser un desastre: ENLACE. es por esto que para tener un equipo realmente silencioso mejor pongas otros, te recomiendo los clásicos Nidec/GentleTyphoon de 12cm que son una maravilla, los de 1150rpm si los regulas te darán muy buen resultado.
En cuanto al disco duro SSD, no es malo, pero lleva memorias TLC, si puedes estírate al 840 Pro que lleva MLC: PORQUE MEJOR MLC QUE TLC?. Si se te va mucho, el Crucial M500, que es el sustituto del M4, lleva también MLC y parece que está funcionando muy bien
Saludos
En cuanto a la fuente