Yo ando en una situación parecida. El HTPC lo tengo y voy a por el NAS. El proliant es perfecto e imbatible en precio.
Pienso que es mejor separar el NAS del HTPC por la independencia de datos. En ese proliant, si lees un poco, puedes instalar hasta 5 discos duros para datos, y, metiendo freebsd en un pendrive en el zócalo interno que la placa base que tiene para ello no pierdes un puerto SATA en el SO. Freenas es la opción ideal; mi propósito es usar 3x2Tb en ZFS1, teniendo 2 discos de datos y uno de integridad (4 teras útiles). Además, la versión 07 de freenas permite descargas, servidores de música itunes y mas cosas, la 08 aún no dispone de funcionalidad "doméstica".
Realmente el HTPC es mucho menos exigente. Cualquier un C2D con una tarjeta ATI que da la salida en HDMI ya va al pelo. Es muucho mas complicado afinar el SW que elegir el HW (que es de lo que todo el mundo se preocupa). Si quieres que sea mono y coqueton, chiquitín y silecioso, ya es cuestión de €. La ventaja de separar el HTPC del NAS es que puedes liarte lo que quieras con el HTPC (tendrás que hacerlo) instalar, borrar, poner, etc y no tendrás pérdida del servicio de datos ni agobios de formateos virus, etc.

Saludos.