Hola, en general toda la configuración de los puertos SATA debes hacerla a nivel de BIOS, pero que yo recuerde lo que se permite es activar/desactivar los puertos y ponerlos en modo AHCI vs RAID. Que el puerto sea SATAII o SATAIII viene definido por el propio hardware de la controladora y lo que ésta soporte.

Por otro lado, dependiendo de la placa base, hay un determinado número de puertos SATA que son gestionados directamente por el chipset, mientras que otros son gestionados por alguna controladora externa de fabricantes como asmedia o similar. Deberías consultar el manual de tu placa base para ver cuántos puertos tienes de uno u otro tipo y comprobar igualmente dónde has conectado este disco de 2TB.

Saludos.