Te recomiendo que mires el manual de la placa base, pues es normal que las placas incorporen puertos sata 2 y sata 3 en la misma placa, lo mismo lo tienes conectado a un puerto sata 2 de la placa base. De todas formas si lo usas como HTPC no vas a notar mucha diferencia entre los satas ya que los discos duros que comentas no aprovechan el ancho de banda completo de sata 2. Saludos