Entre un FullBR y un Remux no hay diferencias, en cuanto a necesidades de procesado, más allá del espacio ocupado (en el Remux lo único que has hecho es quitar las partes que no necesitas/quieres).

¿Te falla al reproducir un Remux desde un HDD USB 2.0 directamente conectado al PC (en un puerto USB2.0)?.... mmmm.... eso es raro raro. Como te dice @danielbaen, mira a ver si el problema es de base (un fichero de video mal generado).

A veces me he descargado alguna peli que me saltaba, o daba problemas de audio y era porque se había ripeado mal (la peña lo avisa cuanto antes en el tracker, el ripeador es informado, la ripea de nuevo y la vuelve a subir... todo resuelto).

En algunas ocasiones nos pasa que miramos en todos los sitios, menos en el más básico, como tu madre con los calcetines..... "a que voy yo payá y los encuentro?!".... y venía y.............. los encontraba delante de tus narices!!!!!!