Hola mario_miranda,
Las RPM del disco duro afecta al rendimiento, está claro, pero la cosa es que para almacenar vídeos y demás contenidos tienes suficiente con uno de 5400 rpm, y el nivel de ruido si que lo notarás.
En cuanto a la gráfica, me parece una mala elección, no es que sea mala gráfica una 9600GT, que de hecho en su momento fué una gráfica estupenda y sobre todo en rendimiento/precio, pero tiene ya sus añitos, y sobre todo, tu no buscas una gráfica para jugar, sino una gráfica para HTPC, y casi cualquier gráfica actual es mejor para HTPC que esa (para empezar BD3D no podrás reproducir y también tendrás problemas con los 24p).
En cuanto a la caja, la que has puesto parece estar algo mejor preparada, y de hecho mucho mejor que muchas cajas de HTPC, jeje.
Saludos