Viendo tu comentario y fotos solo se me ocurren dos cosas, porque está claro que del overscan no es...

-Que tu tele no gestione bien los MKV Arriba-Abajo. Has dicho que los izda-dcha si van bien, ¿no?

-El video lleva en medio de las dos imágenes una franja negra, yo todos los MKV 3D que he visto han sido SBS, (izda-dcha), nunca arriba-abajo, pero ninguno tenía una franja negra entre las dos imágenes. Veo posible que esa franja negra descuadre el paso al 3D porque la imagen no quede donde debe. Vamos, esto sería más bien un fallo al haber creado el MKV

Saludos