Puedes tener varios discos para distintas funciones. Obviamente, el rendimiento maximo lo tienes cuando esta todo en SSD, pero hoy por hoy no es viable para almacenar grandes volumenes de datos por el precio que tienen.

La idea suele ser tener el SO y todos los programas instalados en el SSD, dejando el HDD como almacen de datos esporadicos o de gran volumen que no nos quepan en el SSD.